박테리아가 증식할 수 있는 기질을 이용하여 발효 배양시설에서 증식한 이후 박테리아를 분리, 정제, 건조하여 얻어지는 단세포단백질이다. 사용할 수 있는 균주는 보조사료-미생물제-유익균에 한 한다.

박테리아단세포단백질의 영양조성은 조단백질 50~65%, 조지방 1~3%, 조회분 3~7%, 헥산(nucleic acid) 8~12%이며, 아미노산 조성 또한 사료용으로 부적합하지는 않다. 세균 종별 사용되는 기질의 예는 다음과 같다.

단백질을 짧은 시간 안에 대량 생산할 수 있다는 이점이 있으며, 효모가 이용하지 못하는 기질을 이용하여 단백질을 생산할 수 있다. 불활성박테리아는 생산성, 기호성, 독성, 경제성 등이 아직 명확하게 밝혀지지 않았고, 기술적 측면에서의 어려움 등으로 인해 사료자원화에 한계가 있으며 지속적인 연구가 더 필요하다. 사료에서 사용 시 고려해야 될 필수사항은 기질에서 유래되는 독소나 발암성 물질의 함유여부에 대한 확인이다.